Tenemos el siguiente escenario: Windows 7 + IIS7.
Disponemos a su vez de una solución generada en Visual Studio 2008, con diversos proyectos, entre los que se encuentra un sitio web.
Y nos proponemos ahora, la creación de un proyecto de instalación para la aplicación web.
Hasta aquí sin problemas, hasta que una vez generados los archivos de instalación Setup.exe y WebSetup.msi, recibimos el siguiente mensaje de error al ejecutarlos:
Instalación sin completar
Se interrumpió el instalador antes de poder instalar (NOMBREDELPROYECTO). Debe reiniciar el instalador para intentarlo de nuevo.

Web Setup: Instalación sin completar
Tras buscar por internet posibles soluciones, decidimos activar la compatibilidad de Internet Information Server con IIS6, y probar suerte.
Para ello, accedemos al Panel de Control de Windows 7, y pinchamos en la opción Activar o desactivar las características de Windows.

Panel de Control Windows 7
Buscamos la opción Internet Information Server, y expandimos su rama, hasta encontrar Compatibilidad con la Administración de IIS6.
Una vez ahí, activamos todas las opciones de Compatibilidad con la Administración de IIS6 como muestra la siguiente imagen:

Activar características de Windows - Compatibilidad IIS6
Et voilà! Volvemos a intentar ejecutar los archivos de instalación del proyecto web generados anteriormente y conseguimos continuar la instalación sin los problemas generados con anterioridad.

Web Setup: Asistente de instalación